Od 2001 roku parafia szczyci się posiadaniem 50 głosowych, pneumoelektrycznych organów piszczałkowych, przeniesionych z Sali koncertowej Filharmonii Podlaskiej w czasie jej kapitalnego remontu. Dzięki przychylności Dyrektora Zespołu Szkół Muzycznych im. Ignacego Paderewskiego w Białymstoku – właściciela instrumentu oraz Zarządu Województwa Podlaskiego, a także inicjatywie ks. Proboszcza Zbigniewa Krupskiego podjęto decyzję o umieszczeniu organów w świątyni i użyczeniu na 10 lat dla Parafii pw. Miłosierdzia Bożego w Białymstoku. Po przygotowaniu miejsca na chórze, zaprojektowaniu prospektu oraz renowacji instrumentu uroczyście poświecono w czerwcu 2002 roku. Oprócz funkcji muzycznej w liturgii organy służą uczniom Szkoły Muzycznej i studentom Katedry Międzywydziałowej Uniwersytetu Muzycznego im. Fryderyka Chopina w Warszawie oraz innym organistom koncertującym w Sanktuarium. W 2012 roku Parafia wystąpiła z wnioskiem uregulowanie formalno-prawne statusu instrumentu. Po dwóch latach procedury Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego, które jest organem decyzyjnym przedłużyło umowę użyczenia instrumentu na następne 10 lat - do 2024 roku